首先，從政府角度來看，國有企業制度改革的滯后導致了對企業債券融資的計劃管制。這是企業債券融資功能錯位的重要原因。金融學定義，金融市場是擁有獨立財產權的所有者在其中進行借貸的場所或機制。因此，企業債券融資發展的前提是整個市場參與者必須具有清晰的產權制度。否則，不可能形成有序的債券市場。但從中國企業債市場的產生和發展過程來看，中國企業債券融資的發展是在傳統的國有產權制度框架內進行的。而債券知識中傳統國有產權制度一個典型的缺陷是國有企業并不真正擁有獨立財產權，其終極所有權是國家的，因而認為國債融資與企業債券融資是可以替代的。這就導致了政府對企業債券融資的計劃管制。

　　從企業角度來看，公司法人治理結構不健全，對企業債券融資發展產生了如下不利影響：
　　其一，企業偏好股權融資。通常，股東對公司行使控制權主要通過兩種方式來實現，即用手投票和用腳投票。現階段，中國依《公司法》成立的股份公司普遍由國有企業改制而成。由于中國絕大部分公司的股權過于集中和國有股流通受限使這兩種機制都不能發揮實質性作用。加之中國資本市場和經理市場的不完善，嚴重削弱了國有股股東對經理層的約束。因為股權成本本質上只是一種機會成本，與債務成本不同，債務有到期還本付息的強制約束力，而股權成本只有在股東對經理層具有較強選擇能力的基礎上才有一定約束力。在一個缺乏強有力的股權約束的。

　　其二，企業債券的軟約束。在市場經濟條件下，發行企業債券對企業是一種硬約束，因而能夠促使企業千方百計地改善經營，以確保按期償還。最初中國發展企業俊券市場直接融資的目的之一就是為了實現資金的有效配置。硬化資金的約束，強化企業的債務意識，緩解銀行的壓力。但在實踐中，由于國有股“一股獨大”，企業尚未徹底擺脫政府機構附屬物的地位，企業破產機制因而難以真正確立，導致企業債券融資風險最小化，使企業債券還本付息的保證先天不足。加之國有企業虧損日益嚴重，資金循環受阻，客觀上也很難保證債券按期兌付。

　　其三，法人治理結構的不完善還必將導致另一種代理成本的產生。即代理人會對資源配置表現出一定的隨意性。國有企業的代理人由政府確定，其行為如表現出對政府行政性指令的負責性，則其位置就相對穩定，至于其干好干壞、干多干少都不會影響他的位置或損害他的收入。由于缺乏有效的激勵與約束機制，從而導致了以下兩個問題：第一，在債券的發行過程中，其行為往往表現出一定的隨意性，很少注意債券風險及相應的成本。第二，在債券的使用方面，我們考察中國企業債券發行者資金的使用情況，可以發現相當部分用于補充流動資金、歸還貸款甚至存入銀行。中國對債券發行者凈資產收益率有較高的要求，一般情況下是高于銀行貸款利率的。這種用高成本資金替代低成本資金的行為，顯然是不符合企業價值最大化目標的。